1943年，欧洲战场局势复杂而神秘，卡特兰的异形军横行霸道，势不可挡，整个世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪恶的异形军展开了殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，她们自远古时代便与邪恶势力作战，凭借体内强大的魔力与各种怪兽进行搏斗。 在魔法少女组成的机械化航空步兵的协同作战下，异形军终于败退，而这群勇敢的女孩们也功成身退，散落在世界各地。美丽的少女宫藤芳佳（由福圆美里配音）便是其中之一。战后，她回到了故乡——扶桑皇国，并立志成为一名优秀的医师。 某天，扶桑皇国海军学校的一号生服部静夏（由内田彩配音）前来拜访，邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。此时，身怀绝技的魔法少女们再次汇聚一堂，欢乐的气氛中，谁也未曾察觉，贼心不死的异形军正悄悄逼近……